Parc national de la Guadeloupe
-A +A
Share
Le 10/08/2021
Scientifique
Avec les avancées sans cesse plus impressionnantes des sciences génétiques ces dernières années, de nouvelles possibilités se sont ouvertes aux chercheurs, et parmi elles, celle du séquençage ADN*1. En disposant du code génétique (au minimum une partie) des espèces vivantes, il est possible de les détecter si l’on capte des fragments (peau, fragment de carapace, fèces, sécrétions, etc) de ce même code laissé par ces organismes dans leur milieu.

C’est là qu’intervient « l’ADN environnemental » (ADNe) : c’est « l’ADN pouvant être extrait à partir d’échantillons environnementaux, tels que l’eau le sol ou l’air sans avoir besoin d’isoler au préalable les organismes cibles ». Ce principe est devenu exploitable efficacement seulement depuis quelques années et a été utilisé dans plusieurs projets, notamment le projet GUAD3E porté par le Parc national pour ne citer que lui. Ce dernier traite des espèces d’eau douce (poissons et crustacés) : le prélèvement d’échantillons d’eau permet de savoir quels sont les espèces présentes dans le cours d’eau en analysant l’ADN présent dans l’échantillon.

Prélevement ADNe -Joévin MARQUES- PNG

Prélevement ADNe -Joévin MARQUES- PNG
 

La comparaison avec les résultats de pêches « classiques » à montré une réelle efficacité pour détecter les espèces de ce milieu, en particulier les plus difficiles à voir. Mais il est question ici des milieux marins, alors entrons dans le vif du sujet.

Il est de notoriété assez répandue que les cétacés ne sont pas les espèces les plus faciles à apercevoir en règle générale, heureusement, l’ADNe n’exige pas de voir les espèces pour révéler leur présence. Voilà l’essentiel du projet CetADNe : analyser l’eau des sites potentiels où se trouvent les mammifères marins pour trouver des fragments de leur ADN, ce qui permet d’affirmer leur activité dans les zones prospectés. En jumelant cette nouvelle approche avec les méthodes d’observations professionnelles, l’idée est d’obtenir des données encore plus fiables et avec d’avantage d’exhaustivité. C’est pour cette raison que le projet a dû rassembler de nombreux partenaires (entreprises privées, universités, organismes publiques spécialisés, associations, laboratoires, etc) pour mutualiser le savoir et harmoniser les connaissances.

(Jean-Luc JUNG, scientifique porteur du projet à l’ISYEB – CNRS en pleine collecte d’échantillon en mer d’Iroise, suivi de près par un Grand dauphin (Tursiops truncatus) au second plan ©Livier Schweyer, PNMI, OFB )

En parallèle des activités des experts du milieu océanique, l’OMMAG (Observatoire des Mammifères Marins de l’Archipel Guadeloupéen) s’est aussi vu confier la tâche d’organiser le réseau de sciences participatives*2 pour que tout citoyen puisse apporter sa pierre à l’édifice, une source d’informations non-négligeable pour le projet.

La concrétisation de ces actions s’est en second lieu traduite par des campagnes successives de prélèvements d’ADNe :

- La première s’est effectuée en Guadeloupe courant 2018

- La seconde s’est déroulée sur 2 ans en Mer d’Iroise durant la période 2019-2020

- La troisième et dernière en date s’est effectuée le long des côtes guadeloupéennes le mardi 8 juin !

Cette nouvelle session sur le territoire d’origine des premiers relevés va permettre de voir l’amélioration du procédé avec 3 années consécutives d’expérience dans l’utilisation de la méthode. Les bases de données qui se sont vue étoffés avec le temps vont peut-être révéler de nouvelles découvertes, rendant l’utilisation de l’ADNe encore plus prometteuse qu’elle ne l’était déjà. Ces connaissances vont apporter une vision de l’ensemble des mammifères marins plus détaillée aux scientifiques, qui pourront fournir des diagnostiques plus précis aux gestionnaires du domaine marin pour aider à la préservation de la faune océanique. En outre, ce projet a aussi permis de collecter d’autres données sur des taxons supplémentaires, comme sur les requins (3 espèces) ou encore des mammifères terrestres (2 espèces) ! Quelles découvertes attendent l’équipe ? Nous le saurons une fois les analyses de cette campagne terminée.

Baleine à bosse et son baleineau - PNG

Si vous souhaitez aider la recherche ou en apprendre plus sur le projet, les liens ci-dessous sont à disposition pour vous guider.

Pour plus d’informations sur le projet :

- Lien vers le descriptif du projet (Université de Brest) : https://www.univ-brest.fr/fondation-ubo/menu/REALISATIONS-2017-2020/Appe...

- Lien vers plus d’explications sur l’ADNe (SPYGEN) : http://www.spygen.com/fr/technologies/qu-est-ce-que-l-adne/

- Formulaire d’observation de cétacés de l’OMMAG : https://ommag971.jimdofree.com/vos-observations-send-observations/

Définitions :

*1 - ADN : acronyme d’ « Acide DésoxyriboNucléique », il s’agit d’une molécule présente chez tous les êtres vivants et qui porte l’information génétique nécessaire au développement et au fonctionnement de l’organisme.

*2 – Science participative : formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent, avec des chercheurs, des acteurs de la société civile, à titre individuel ou collectif, de façon active et délibérée.

Les acteurs et partenaires du projet :

- OFB (Office Français de la Biodiversité)

- Association Observatoire des Mammifères Marins de l’Archipel Guadeloupéen (OMMAG)

- Association Souffleurs d’Écume

- Association Groupement d’Intérêt Scientifique des Mammifères de Méditerranée (GIS3M)

- Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

- CSC FAB Océanopolis

- Entreprise SPYGEN

- Institut de systématique évolution biodiversité (ISYEB) du Museum national d'histoire naturelle (MNHN)

- Observatoire Hommes-Milieux (OHM) Littoral Caraïbe

- Parc Naturel Marin d’Iroise

- Parc National de la Guadeloupe

- Université de Brest

- Université de Bretagne Occidentale (UBO)

- Université de la Sorbonne

- Unité Mixte de Recherche (AMURE) du Centre de Droit et d’Économie de la Mer

- World Wildlife Fund for nature (WWF)

Liens sources (Bibliographie) :

- Encyclopédie de l’environnement. Code-barres ADN pour caractériser la biodiversité – rubrique « Accueil-Vivant- Biodiversité, adaptation et évolution-Code-barres ADN pour caractériser la biodiversité ». A l’adresse suivante : https://www.encyclopedie-environnement.org/vivant/metabarcoding-codes-ba... biodiversite/

- Engadget. « Scientists show you can collect DNA from the air » - rubrique « dna collection from air 204308832 ». Page d’accueil : https://www.engadget.com/ . A l’adresse suivante: https://www.science- ensemble.org/les- sciences-participatives .

- Fondation UBO. CetADNe : détection des cétacés par analyse d’ADN environnemental pour l’étude et la conservation – Université de Brest rubrique « ACCUEIL-REALISATIONS 2017-2020-Appel à projets- Lauréats 2018 ». A l’adresse suivante : https://www.univ-brest.fr/fondation-ubo/menu/REALISATIONS-2017- 2020/Appel-a-projets/Laureats-2018/CetADNe---Detection-des-cetaces-par-analyse-d_ADN-environnemental- pour-l_etude-et-la-conservation

- Fondation UBO. Laboratoire Français SPYGEN – Université de Brest rubrique « ACCUEIL-REALISATIONS 2017- 2020-Appel à projets-Lauréats 2018 ». A l’adresse suivante : https://www.univ-brest.fr/fondation-ubo/menu/REALISATIONS-2017-2020/Appe... CetADNe---Detection-des-cetaces-par-analyse-d_ADN-environnemental-pour-l_etude-et-la-conservation/ Laboratoire-fran-ais-SPYGEN

- Génome Québec. « Concepts de base de la génétique » - rubrique « éducation-formation-qu’est-ce que l’adn ». A l’adresse suivante  : http://www.genomequebec-education-formations.com/education-concepts-adn

- OHM littoral Caraïbe. Présence et répartition des mammifères marins dans l’espace maritime des Antilles françaises : données issues de la science participative et d’analyses d’ADN environnemental – OHM littoral Caraïbe rubrique « Projets de recherche ». A l’adresse suivante : https://ohm-littoral-caraibe.in2p3.fr/apr-labex- driihm/details/3/2227

- Science ensemble. « L’essentiel sur les science participatives » - rubrique « les sciences participatives ». A l’adresse suivante: https://www.science-ensemble.org/les-sciences-participatives

- SPYGEN. « Qu’est-ce que l’ADNe ? » - rubrique « Accueil-Technologie-Qu’est-ce que l’ADNe » A l’adresse suivante  : http://www.spygen.com/fr/technologies/qu-est-ce-que-l-adne/

- Umr-amure. Centre de droit et d’économie de la mer – AMURE rubrique « le labo ». A l’adresse suivante : https://www.umr-amure.fr/le-labo/

Article rédigé par :

Barthélémy DESSANGES
Chargé de mission «Vulgarisation scientifique»
Département Patrimoines et Appui aux Territoires - Service Patrimoines naturel, paysager et culturel

Avec la participation de

Maïténa JEAN, Julia BOS et Joévin MARQUES

Publication :

Louis-Guy HERMANN